Esas manchas oscuras pueden ser restos del fundente a base de resina. Los fundentes que no requieren limpieza suelen estar hechos de resinas solubles en agua (en lugar de colofonia) y, al calentarlos, la mayor parte se evapora.
Preste atención a las temperaturas de soldadura. La temperatura líquida de la soldadura Sn96.5/Ag3.0/Cu0.5 es de 217 °C. Soldar a las altas temperaturas que ha estado usando puede dañar los componentes, debilitar el pegamento debajo de cada almohadilla que suelda (el cobre está pegado al FR4), producir humos mucho más peligrosos, algo que ya es más peligroso con las soldaduras sin plomo, y generalmente no es beneficioso.
Hasta donde yo sé, no debería tener un impacto significativo en la unión, pero si quieres evitarlo, te sugiero bajar la temperatura de la plancha (y posiblemente conseguir una nueva punta y/o plancha dependiendo del caso, para que la soldadura sea efectiva a dicha temperatura más baja), aunque esto puede no resolver totalmente el problema.
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