¿Por qué la gente usa PCB de múltiples capas?? ¿Para qué se requieren??

Estoy haciendo un prototipo de una PCB, usando Chip Quik “SMDSWLF.031, una soldadura Sn96.5/ Ag3.0/ Cu0.5 con 2.2% flujo sin limpieza. Encuentro que los puntos negros aparecen con frecuencia en los pads más grandes de mi tablero.. Me pregunto si es porque dejé más tiempo el soldador calentando la soldadura y eso quemó el fundente.. ¿Qué es ese residuo negro?? ¿Es eso una señal de una mala unión o quizás de una mala técnica de soldadura??

¿Existe una regla general sobre la cantidad de espacio libre que se debe agregar a los componentes con orificios pasantes?’ agujeros para permitir que encajen fácilmente? Por ejemplo, si tengo un componente con un diámetro de pasador de 1 mm, ¿Cuál debe ser el diámetro de los agujeros para sus pastillas??