Non penso che dovresti fare affidamento sui fori per individuare la parte quando le tolleranze sono importanti. Penso 10-15 mil è una buona soluzione(nella metrica 0.25 a 0,4 mm).
Prepara una maschera per tenere le parti nella posizione corretta mentre vengono saldate. Può essere sofisticato per la saldatura a onda o qualcosa di semplice che trattiene le parti mentre vengono saldate a mano (forse ricavato dalla parte accoppiata come il telaio punzonato).
I birilli rotondi sono una seccatura particolare se li chiami troppo vicini- almeno con i perni quadrati o rettangolari puoi togliere parte della placcatura all'interno dei fori agli angoli del perno e forzare comunque il perno. Se insisti nell'usare i buchi, magari fai in modo che il piolo sia rotondo e il buco quadrato (richiamare i fori quadrati praticati a fessura nel PCB).
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